Tome 1
Au commandant et aux officiers de la corvette la Bonite
Lettre du Ministre de la marine à M. Vaillant, capitaine de corvette commandant la corvette la Bonite, sur l'objet de sa mission

Histoire du voyage
Chapitre I :Introduction
Chapitre II :La Bonite
Chapitre III :La Méditerranée
Chapitre IV :Cadix
Chapitre V :L'Atlantique
Chapitre VI :Rio-Janeiro
Chapitre VII :Renseignements statistiques et commerciaux sur le Brésil, et particulièrement sur la province et le port de Rio-Janeiro
Chapitre VIII :De Rio-Janeiro à Montevideo
Chapitre IX :Montevideo
Chapitre X :Le cap Horn
Chapitre XI :Valparaiso
Chapitre XII :Les Baleiniers

Appendice
- Note sur les opérations hydrographiques à exécuter dans le voyage de la Bonite, par M. Beautemps-Beaupré
- Note sur la campagne de la Bonite, par M. Daussy
- Notes : par M. le contre-amiral baron Hamelin

Instructions relatives au voyage de circumnavigation de la bonite, approuvées par l'académie des sciences
- Instructions concernant la physique du globe, par M. Arago (Phénomènes météorologiques. Baromètre. Pluie. Magnétisme terrestre. Météores lumineux, étoiles filantes. Lumière zodiacale. Aurores boréales. Arc-en-ciel. Halos.Vents : vents alizés. Phénomènes de la mer : courants. Hauteur des vagues. Visibilité des écueils. Trombes. Dépressions de l'horizon. Observations diverses : soulèvement de la côte du Chili. Tremblements de terre. Hauteur des principaux pics et de la limite des neiges perpétuelles dans la cordillère du Chili).
- Instructions relatives à la botanique et à la culture, par M. de Mirbel
- Instructions concernant la géologie et la minéralogie, par M. Cordier
- Instructions relatives à la zoologie, par M. de Blainville
- Instructions concernant la navigation et l’hydrographie, par M. de Freycinet

Rapports sur les résultats scientifiques du voyage de la Bonite
- Zoologie, par M. de Blainville (Sur la température de l'homme et des oiseaux. Phosphorescence de la mer)
- Observations relatives à la physique, par M. Arago
- Botanique, par M. de Mirbel
- Hydrographie, navigation, et histoire du voyage, par M. de Freycinet
- Minéralogie et géologie, par M. Cordier.

Conclusions

Tome 2
Chapitre XIII :De Dalparaiso à Cobija. Relache à Cobija
Chapitre XIV :Le Callao. Lima
Chapitre XV :Payta
Chapitre XVI :Guayaquil
Chapitre XVII :Situation du commerce français dans les divers États de l'Amérique occidentale
Chapitre XVIII :Traversée du Guayaquil aux Îles Sandwich
Chapitre XIX :Hawaii
Chapitre XX :Honolulu
Chapitre XXI :Le Louaou
Chapitre XXII :Derniers jours de la relache à Honolulu
Chapitre XXIII :Quelques renseignements sur les Îles Sandwich

Pièces justificatives
- Lettre de M. de Mendeville
- Note sur le Basilisk
- Traité d'amitié et de commerce entre Sa Majesté le Magnifique, roi de Siam, et les États - Unis d'Amérique
- Traité entre les États -Unis et les îles Sandwich
- Regulations for the port of Honolulu, Oahu
- État des bâtiments de guerre qui sont venus à Honolulu ( îles Sandwich ) depuis 1825 jusqu'en 1836
- Arrivals at Oahu , Sandwich Islands, from January 1, to August 1, 1836
- État faisant connaître annuellement le mouvement commercial et maritime du port d'Honolulu (îles Sandwich), depuis 1830 jusqu'en 1835
- Liste des articles composant une cargaison pour la côte N. 0. d'Amérique

Tome 3
Chapitre XXIV :De Honolulu à Manille
Chapitre XXV :Manille
Chapitre XXVI :Des diverses races qui peuplent les Philippines ; de leurs caractères et de leurs moeurs
Chapitre XXVII :Province de la Lagune.
Chapitre XXVIII :Macao
Chapitre XXIX :Canton
Chapitre XXX :Commerce étranger en Chine
Chapitre XXXI :Tourane
Chapitre XXXII :Établissements anglais dans le détroit de Malacca
Chapitre XXXIII :Calcuta
Chapitre XXXIV :De Calcutta à Pondichéry. Séjour à Pondichéry
Chapitre XXXV :Bourbon
Chapitre XXXVI :Retour

Conclusion
- Extrait d'un rapport de M. Vaillant.

Pièces justificatives
- Extrait d'une lettre de M. Legregeois à M. Vaillant
- Ordre du vice-roi de Canton
- Avis du grand mandarin charge des douanes
- Décret du Roi de Cochinchine
- Note des objets embarqués à Chandernagor sur la corvette la Bonite