Ces travaux sur l’anatomie des plantes ont connu des attaques passionnées et systématiques retardant la publication de cet ouvrage. Le but principal de nos deux derniers voyages était de faire des recherches d’anatomie, de physiologie et d’organogénie. Ces travaux, commencés dans les premiers jours de 1840 ont été interrompus dès juin 1843 pendant 7 ans. L’administration de la marine a demandé de terminer la botanique de la Bonite dans les plus brefs délais ce qui a conduit à publier sous le titre d’introduction à cet ouvrage tous les éléments relatifs ayant diversement trait à l’organographie, à la physiologie et à l’organogénie des plantes.La botanique de la Bonite se composera de quatre volumes de texte et d’un atlasde cent cinquante planches (détails morphographiques des fleurs, des fruits, des graines et parfois des germinations) surtout celles qui étaient jusqu’à présent ignorées des botanistes (quelques familles des régions tropicales – Pandanées – Nipacées – Phytéléphasiées…) et permettre aux navigateurs de fixer leur attention sur ces plantes qui jouent un rôle historique, économique, industrielle et commerciale pour les peuples de ces régions tropicales. Cet ouvrage est plutôt une source de renseignements et de détails qu’un ouvrage de botanique systématique.Le texte formé de quatre volumes en aura deux uniquement consacrées à l’introduction, comprenant les nouvelles et les anciennes réfutations et les notes diverses sur l’anatomie et la physiologie des végétaux monocotylés et dicotylés.Les deux autres volumes auront trait à la botanique proprement dite. (un volume des plantes cellulaires : algues, lichens, mousses, les champignons… ; et l’autre volume : description détaillée des genres et des espèces figurées dans l’atlas, et de toutes les plantes importantes et nouvelles, prises parmi les monocotylés, les dicotylés et les fougères)

Partie 1
- Introduction
- Instructions relatives à la botanique et à la culture.
- Rapport sur les travaux de botanique de la Bonite, par M. de Mirbel.
- Observations sur quelques points de physiologie et d'anatomie comparée des végétaux et spécialement sur l'accroissement des tiges, adressées à M. de Mirbel, par Charles Gaudichaud
- Rapport sur un mémoire de M. Gaudichaud , relatif au développement et à l'accroissement des tiges , feuilles et autres organes des végétaux
- Observations sur l'ascension de la séve dans une liane de la famille des vignes, et description de cette nouvelle espèce appartenant au genre Cissus
- Note relative à quelques points de la dernière communication de M. le docteur Boucherie, sur la vascularité des végétaux
- Recherches générales sur l'organographie, la physiologie et l'organogénie des végétaux
- Remarques générales sur les vaisseaux tubuleux des végétaux
- Recherches générales sur la physiologie et l'organogénie des végétaux

Partie 2
- Notes relatives à la protestation faite dans la séance du 12 juin 1843, à la suite de la lecture du mémoire de M. de Mirbel ayant pour titre : Recherches anatomiques et physiologiques sur quelques végétaux monocotylés
- Deuxièmes notes lues à l'Académie le 9 octobre 1843
- Troisièmes notes lues à l'Académie le 8 avril 1844
- Quatrièmes notes.
- Réfutation des théories établies par M. de Mirbel dans son mémoire Dracæna Australis (en 7 parties) .
- Remarques sur la lettre de M. de Martius
- Recherches anatomiques sur la tige du Ravenala de la classe des monocotylés.
- Premières et secondes remarques sur les deux mémoires de MM. Payen et Mirbel relatifs à l'organographie et à la physiologie des végétaux
- Recherches sur l'accroissement en hauteur des végétaux
- Aperçu sur la chimie physiologique
- Recherches sur l'anatomie et la physiologie comparées des végétaux monocotylés
- Note sur les réactions acides et alcalines des végétaux
- Notes sur l'Apios tuberosa et sur le Psoralea esculenta.